La Iglesia de la Merced es una de las joyas de la arquitectura colonial criolla.
La historia de la Iglesia de Nuestra Señora de la Merced se caracteriza por una persistente lucha contra las adversidades. Fray Gerónimo de Alfaro, buscando establecer un lugar de culto, solicitó licencia para una casa de huéspedes que encubría sus verdaderos propósitos, pero los cabildos constantemente negaban los permisos religiosos necesarios. A pesar de la miseria que asolaba la zona, impidiendo el establecimiento de fundaciones conventuales, la fe de sus promotores superó los obstáculos económicos que parecían insalvables.
Fue así como, en 1638, se dio inicio a la construcción de una hospedería que, en la práctica, funcionaba como lugar de culto. Sin embargo, la construcción formal del convento no comenzó hasta el 31 de enero de 1755, cuando finalmente recibió la real licencia. Santiago José Echevarría culminó la obra en 1792, pero los problemas estructurales persistieron, requiriendo la intervención de la Congregación de San Vicente, quienes en 1862 tomaron medidas correctivas. El padre Gerónimo de Valdés consumó el proyecto, cerrando totalmente la bóveda principal y restaurando obras incompletas abandonadas y muy deterioradas, culminando así el sueño iniciado en 1638.
La iglesia representa una joya arquitectónica criolla, terminada durante el siglo XIX, con un estilo barroco desprovisto de torre, ubicada en una pequeña plazuela privilegiada. Su puerta principal presenta un arco abocinado, y la fachada está decorada con un nicho central y columnas que alcanzan una gran altura, mientras que los óculos completan los elementos arquitectónicos distintivos. Este templo representa el último ejemplar barroco habanero colonial, con naves principales que forman una cruz latina y pabellones laterales que completan un diseño rectangular. Las capillas de cabecera estructuran el conjunto, y bóvedas de cañón se intersectan perpendicularmente. Las arcadas ornamentales separan elegantemente las naves, y bastos pilares sostienen la estructura general, mientras que una suntuosa decoración mural cubre todas las paredes. El claustro presenta dos plantas monumentales con grandes arcos de medio punto predominando, y las columnas sostienen un puntal alto y elegante.
La capilla de Lourdes, inaugurada en 1876, presenta paredes decoradas con pinturas de Esteban Chartrand, complementadas por obras artísticas de Didier Petit y la participación de Miguel Melero padre e hijo, con Motioti completando el conjunto pictórico. Zuloaga, Murillo y Alonso Cano también aportaron a esta capilla, cuyo diseño imita a San Pedro de Roma, con tonos amarillos y dorados predominando. La iglesia representa una institución religiosa de gran calidad, con claraboyas que iluminan las bóvedas interiores de forma natural. Su festividad, celebrada el 24 de septiembre, atrae a devotos de la Virgen de las Mercedes y de Obbatalá, convirtiéndose en la tercera celebración más importante de Cuba, solo superada por la Caridad del Cobre y San Lázaro. Ubicada en las calles Cuba y Merced, era el final de trayecto de los tranvías, simbolizando el progreso urbano habanero, y el templo pétreo permanece resistiendo el paso del tiempo.